SMA Islam Terpadu Rahmaniyah memiliki sistem untuk memaksimalkan potensi santri dengan pendidikan karakter para calon pemimpin bangsa masa depan. Santri MRI dibiasakan memiliki karakter mandiri serta memiliki ilmu pengetahuan agama dan akademis sekaligus.SMA Islam Terpadu Rahmaniyah memiliki keunggulan di bidang akademis dan bidang lainnya, sebagai sarana mencapai berbagai prestasi di tingkat nasional dan internasional. Keunggulan lainnya, SMA Islam Terpadu Rahmaniyah menerapkan sistem pembelajaran yang mengintegrasikan nilai-nilai Islam di setiap mata pelajaran serta menerapkan pembelajaran berbasis lingkungan.

Kurikulum yang diterapkan ialah kurikulum sesuai Departemen pendidikan Kabupaten Bogor. Karya ilmiah dijadikan syarat bagi kenaikan kelas. Penjurusan sudah dilakukan dari sejak tes penerimaan santri baru yaitu MIPA dan bagi santri yang berminat melanjutkan pendidikan di Timur Tengah akan mendapatkan materi tambahan yang disesuaikan dengan kebutuhan.

SMA Islam Terpadu Rahmaniyah juga menyelenggarakan program bimbingan intensif menjelang pelaksanaan Ujian Nasional (UN) dan membantu memfasilitasi santri yang akan melanjutkan kejenjang perguruan tinggi.