Ma’had Rahmaniyah Al Islamy (MRI) menerapkan sistem pembelajaran yang memadukan antara kurikulum pendidikan Nasional dan Pesantren.Serta menekankan keseimbangan pembelajaran teori dan praktik, sehingga kegiatan belajar mengajar dapat lebih dinamis dan tidak membosankan.
Program Unggulan MRI mengacu kepada Indikator keberhasilan yang telah dicanangkan oleh MRI. Santri dibina dengan sungguh-sungguh hingga menjadi pribadi yang memiliki salimul Akidah, Shohihul Ibadah dan Matinul Khuluq dan mempu mengaplikasikannya dalam praktik keseharian.
Santri MRI dibekali program penguasaan bahasa asing (Inggris dan Arab) dengan aneka kegiatan, antara lain: Penghafalan kosakata bahasa Inggris dan Arab, pemberlakuan zona wajib berbahasa asing, apel pagi dan upacara bendera dengan menggunakan bahasa Inggris dan Arab, pidato, pentas seni, serta mengadakan berbagai perlombaan bahasa. Program bahasa bertujuan membiasakan santri menggunakan bahasa pergaulan Internasional yang akan bermanfaat bagi mereka setelah lulus nanti dan ketika ingin melanjutkan sekolah ke luar negeri.
Program menghafal Al-Qur’an dilaksanakan dengan berbagai kegiatan, diantaranya adalah halaqoh tahfizh (grup menghafal Al-Qur’an) yang diadakan setiap hari baik didalam dan diluar kelas, Selain itu ada program Super Intensifserta program Akselerasi Tahfidz, yaitu program menghafal Al-Qur’an yang dikhususkan bagi santri yang berminat hafal 30 Juz Al-Qur’an selama bersekolah di Ma’had Rahmaniyah Al Islamy.
Selain penguasaan bahasa asing, MRI juga memiliki program unggulan lain, program yang menekankan penguasaan materi pelajaran yang akan diujikan dalam ujian Nasional, dengan program pendalaman materi yang dilakukan sejak tingkat awal sekolah. Ditambah program penguasaan sains yang dijalankan dengan berbagai kegiatan sains selain belajar di kelas, di antaranya dengan kegiatan Sains Club (SC) dan pembinaan untuk mengikuti lomba-lomba sains tingkat kabupaten, provinsi, nasional maupun internasional.
Kunjungan ilmiah diadakan setiap tahun dengan lokasi yang berbeda setiap tingkatan kelas ke berbagai tempat sesuai dengan tujuan dan target yang akan dicapai
Pembuatan karya tulis dan karya ilmiah merupakan hal wajib bagi santri serta menjadi syarat kenaikan kelas bagi santri tingkat SMA, sedangkan untuk santri tingkat SMP menjadi salah satu tugas sekolah yang akan menentukan nilai raport. Serta Program pembiasaancintamembacaberbagailiteraturdenganmewajibkansiswamenyelesaikanmembacabukudalamwaktu yang ditentukan secaraberkala.
Program mentoring agama Islam dilakukan sepekan sekali dengan cara membagi santri ke dalam kelompok-kelompok pembinaan atau halaqoh yang rata-rata terdiri dari 10 orang santri dengan seorang mentor pembimbing. Program mentoring ini dimaksudkan untuk memberikan pemahaman agama secara lebih mendalam.
Bagi santri kelas XI SMA wajib mengikuti program PPM (Praktik Pengabdian Masyarakat), yaitu program pengabdian santri ke tengah-tengah masyarakat sekitar pesantren selama satu pekan dan diisi dengan kegiatan-kegiatan berupa pembinaan belajar anak-anak serta berbagai kegiatan pengabdian masyarakat lainnya untuk melatih rasa empati santri di tengah masyarakat.